تتبع الجامعة حاكمية رشيدة ويحكم العلاقة بين العاملين فيها التعليمات الصادرة عن مجالس حاكميتها بالإضافة إلى قانون الجامعات الأردنية وأنظمة الجامعة الأردنية وتعليمات جامعة الزيتونة الخاصة الصادرة عن مجلس العمداء.
