يتكون الهيكل التنظيمي للمكتبة من خمس شعب رئيسة، موزعة على النحو الآتي :

1- شعبة التزويد

وهي الشعبة المسؤولة عن تزويد المكتبة بمصادر المعلومات (الكتب) الورقية والإلكترونية بأنواعها كافة، مثل: الموسوعات والمعاجم وغيرها من أشكال الكتب اللازمة للعملية التعليمية الأكاديمية، ومتطلبات البحث العلمي، ودعم البرامج الأكاديمية كافة، وتحديث هذه المصادر وفق متطلب الاعتماد العام والخاص ومعايير الجودة المحلية والعالمية.

2- شعبة المعالجة الفنية

هي الشعبة المسوؤولة عن العمليات الفنية لمصادر المعلومات اللازمة لعمليات الحفظ والاسترجاع وفق المعايير والخطط والبرامج الدولية المعتمدة في الجامعة.

3- شعبة المجموعات العامة والخاصة والمراجع

تتكون الشعبة من ست قاعات للمطالعة، وهي بمساحة كبيرة (قاعات الكتب (العربية1 +العربية2 +الأجنبية)) وقاعة المراجع وقاعة المجموعات الخاصة وقاعة الندوات، حيث تقوم بخدمة تدريب المستفيدين وإرشادهم إلى كيفية استخدام المكتبة استخداماً واعياً ينمي لديهم مهارات الوصول للمعلومات التي يحتاجونها في أبحاثهم ودراساتهم في المصادر الورقية والمطبوعة، كما تقدم خدمة الإرشاد الجماعي للطلبة في قاعة المراجع، وتستخدم قاعة الندوات لتنظيم حلقات النقاش وورش العمل والمحاضرات الأكاديمية، وهي مزودة بجهاز حاسوب، وجهاز عرض البيانات Data Show Projector  ووايت بورد، وسماعات، وميكروفون.

4-  شعبة الإعارة

هي المسؤولة عن تقديم خدمات الإعارة والإرجاع والحجز كافة، وتنظيم هذه العمليات وفق البرمجيات المتاحة، وتطوير هذه العمليات، والتواصل المستمر مع مجتمع الباحثين ونقل آرائهم ومقترحاتهم وتقييمهم لمستوى الخدمات المكتبية .

5-  شعبة قواعد البيانات والدوريات، وتضم:

قاعة الدوريات على أعداد الدوريات الورقية الجارية، بالإضافة الى الدوريات المجلدة للسنوات السابقة، وقاعة مطالعة كبرى، بالإضافة الى أجهزه حاسوب متصلة بالإنترنت وقواعد البيانات الإلكترونية الخاصة بالجامعة.

مختبر قواعد البيانات، الذي يضم أجهزة حاسوب متصلة بقواعد البيانات الإلكترونية، وطابعة ليزرية عدد 2 وملونة 1، وجهاز سكانر لخدمة رواد المكتبة، ويقوم المختبر بتقديم خدمة طباعة الأبحاث، ونسخ البيانات على الوسائط الإلكترونية، والإرشاد وطريقة البحث في المصادر الإلكترونية، وتطوير صفحة المكتبة على الموقع الإلكتروني للجامعة وتحديثها.

ويستخدم المختبر برمجية EZproxy لإتاحة قواعد البيانات الخاصة بالجامعة للمستفيدين من خلال صفحة المكتبة من خلال الموقع الإلكتروني للجامعة.